Fonctions en langage R

• Analyse canonique de redondance (ACR)

  • rdaTest (P. Legendre et S. Durand): Bibliothèque R pour l’analyse canonique de redondance (ACR) simple et partielle avec tests par permutation et la production des graphiques de triple projection. Des versions plus anciennes de ces fonctions se trouvent également dans la bibliothèque sonarX disponible sur la page http://esapubs.org/archive/ de l’ESA, à l’intérieur de “Ecological Archives A016-047-S1”. Bibliothèque R modifiée en avril 2014.
  • Bibliothèque rdaTest , code-source multiplateforme (R 3.0x)
  • Bibliothèque rdaTest pour Windows (testée sous R 3.0x)
  • Bibliothèque rdaTest pour Mac (testée sous R 3.0x)
  • Bibliothèque rdaTest pour Windows (version plus ancienne)
  • Bibliothèque rdaTest pour Mac (version plus ancienne)
  • AdjustedRsquare.R (P. Legendre): Cette fonction calcule le R-carré ajusté pour deux types de régression.
  • dbRDA.D.R (P. Legendre): Cette fonction calcule le test F de la RDA pour des matrices de distance qui ont, ou non, la propriété euclidienne. L’algorithme est celui de McArdle & Anderson (2001). La statistique F est obtenue sans qu’il soit nécessaire de calculer les valeurs propres et les vecteurs propres; par conséquent, il n’est pas nécessaire de corriger la matrice D pour éliminer les valeurs propres négatives.

• Analyse canonique des correspondances (ACC)

  • CCA (P. Legendre): Fonction d’analyse canonique des correspondances qui sert de démontration de l’algorithme décrit à la sous-section 11.2.1 de Legendre and Legendre (1998).

• Anova et tests t

  • anova.1way.R (P. Legendre): Analyse de variance à un facteur avec test par permutations.
  • anova.2way.R (P. Legendre): Analyse de variance à deux facteurs croisés (plan équilibré) avec tests par permutations: modèles I, II et III.
  • anova.2way.unbalanced.R (P. Legendre): analyse de variance multivariable (par RDA) pour plan équilibré ou non équilibré et deux facteurs croisés fixes; tests par permutation.
  • anova.3way.R (P. Legendre): Analyse de variance à trois facteurs croisés (facteurs fixes, plan équilibré) avec tests par permutations.
  • manovRDa.R (E. Laliberté): Analyse de variance multivariable (par RDA) pour plan expérimental équilibré et deux facteurs croisés fixes (anova de modèle I), deux facteurs aléatoires (modèle II) ou un facteur fixe et un facteur aléatoire (modèle III, modèle mixte).
  • nest.anova.perm.R (D. Borcard and P. Legendre): Analyse de variance hiérarchique à deux facteurs (plan équilibré) avec tests par permutations.
  • t.perm.R (P. Legendre): test t pour données indépendantes avec test par permutations.
  • t.paired.perm.R (P. Legendre & G. Blanchet): test t pour données appariées avec test par permutations.

• bgdispersal (P. Legendre): Coefficients de direction de la dispersion biogéographique. Incorporé dans la bibliothèque vegan.

• broken.stick.R (P. Legendre): Calcule les valeurs attendues (espérances) de la distribution du bâton brisé.

• CADM: (P. Legendre): Concordance entre plusieurs matrices de distance. Cette fonction est maintenant intégrée à la bibliothèque d’analyse phylogénétique ape.

• cascadeKM (S. Durand, M.-H. Ouellette et P. Legendre): Enveloppe de la fonction kmeans pour le partitionnement par la méthode des K centroïdes (K-means). cascadeKM crée plusieurs partitions qui forment une cascade allant d’un petit nombre à un plus grand nombre de groupes. Incorporé dans la bibliothèque vegan.
  Distribué également par l’ESA sur la page http://esapubs.org/archive/appl/A016/047/: cascadeKM fait partie du répertoire “Ecological Archives A016-047-S1”.

• CCorA (P. Legendre): Analyse des corrélations canoniques simples et partielles, Y <-> X1/X2. Une version de cette fonction qui calcule l’analyse des corrélations canoniques simple se trouve dans la bibliothèque vegan.

• constr.hclust (P. Legendre et G. Guénard): Bibliothèque qui réalise le groupement agglomératif avec contrainte de contiguïté spatiale ou temporelle pour une matrice de distances calculée à partir de données multivariables. Les résultats du groupement sont présentés sous forme de cartes. Bibliothèque R modifiée le 23 novembre 2019.

• corPerm.R (P. Legendre): Trois fonctions permettant de tester la signification du coefficient de corrélation de Pearson par permutation.

• dagnelie.test.R (D. Borcard, P. Legendre): Test de multinormalité de Pierre Dagnelie.

• Diversité fonctionnelle: bibliothèque FD (Étienne Laliberté)

• Espèces indicatrices / diagnostiques: bibliothèque ‘indicspecies’ (section “R packages”)

• Fonctions géographiques PCNM, MEM et AEM

  • Fonction PCNM: Le dossier contient les fonctions R PCNM et pcoa.all, les fichiers de documentation de ces deux fonctions (en pdf), de même qu’une page d’instructions décrivant comment utiliser ces fonctions dans la console R.

• fourthcorner (S. Dray): Analyse du quatrième coin.

• hclust.PL (P. Legendre): Nouvelle version de la fonction “hclust” de {stats} dans laquelle le sous-programme Fortran hclust.f a été récrit en langage R afin de faciliter sa modification. Cette version est utilisée dans l’article suivant: Murtagh, F. and P. Legendre “Ward’s hierarchical agglomerative clustering method: which algorithms implement Ward’s criterion?” (article soumis pour publication).

• Kendall.W: Associations d’espèces par analyse de la concordance de Kendall. Les fonction kendall.global() et kendall.post() formant cette bibliothèque sont maintenant intégrée à la bibliothèque vegan d’analyse des communautés.

• manova.2way.unbalanced.R (P. Legendre): analyse de variance pour données univariables ou multivariables, deux facteurs fixes croisés, plan équilibré ou non.

• manovRDa.R (E. Laliberté): Manova par RDA pour deux facteurs croisés, fixes ou aléatoires.

• mantel.correlog (P. Legendre): Bibliothèque pour calculer un corrélogramme multivariable de Mantel. Cette fonction est maintenant intégrée à la bibliothèque vegan d’analyse des communautés.

• Ordinations simples

  • PCA (P. Legendre): Analyse en composantes principales (ACP).
  • CA (P. Legendre): Analyse factorielle des correspondances (AFC).

• parafit (P. Legendre): Bibliothèque pour tester la co-évolution hôte-parasite. Cette fonction est maintenant intégrée à la bibliothèque d’analyse phylogénétique ape.

• Périodogrammes

  • Periodograph (P. Legendre): Périodogramme de contingence .
  • Périodogramme de Whittaker-Robinson (P. Legendre): Analyse périodique de séries univariables de données quantitatives
    Nouvelle version plus rapide basée sur du code C, compilée pour Mac OSX et Windows en avril 2014.
    • Bibliothèque WR , code-source multiplateforme
    • Bibliothèque WR pour Windows (R 3.0x)
    • Bibliothèque WR pour Mac (R 3.0x)

• Régression linéaire

  • multRegress.R (P. Legendre): Cette fonction calcule la régression multiple et teste le coefficient de determination (R-carré) par permutation.
  • lmodel2 (P. Legendre): Bibliothèque pour le calcul de la régression linéaire simple de modèle II par les moindres carrés ordinaires (MCO), l’axe majeur (AM), l’axe majeur réduit (AMR) et l’axe majeur des données cadrées (AMDC). Disponible sur la page du CRAN.
  • lmorigin (P. Legendre): Bibliothèque pour le calcul de la régression linéaire multiple avec tests par permutations. Le programme inclut la régression par l’origine à utiliser en particulier pour l’analyse des données de constrastes indépendants. Cette fonction est maintenant intégrée à la bibliothèque d’analyse phylogénétique ape.

• Sélection progressive des variables explicatives en régression et en analyse canonique de redondance (ACR)

  • packfor (S. Dray, P. Legendre et G. Blanchet): Bibliothèque compilée contenant les fonctions “forward.sel” et “forward.sel.par”.
    • R 3.0x Mac OSX: téléchargez-les ici
      • Bibliothèque AEM pour Mac OSX (R 3.0x)
      • Bibliothèque packfor pour Mac OSX (R 3.0x)
      • Bibliothèque PCNM pour Mac OSX (R 3.0x)
      • Bibliothèque spacemakeR pour Mac OSX (R 3.0x)

• seriation.R (P. Legendre et S. Durand ): Méthode de sériation de Beum & Brundage (1950) pour matrices de ressemblance non symétriques ou symétriques.

• sonarX (S. Durand et P. Legendre): Extraction et l’analyse de signaux sonar mono-faisceaux pour la détection et la cartographie des habitats benthiques. Bibliothèque distribuée par l’ESA sur la page http://esapubs.org/archive/appl/A016/047/: sonarX fait partie du répertoire “Ecological Archives A016-047-S1”.

• Sidak.R (P. Legendre): Corrections de Bonferroni et de Sidak pour les tests multiples.

• STI test de l’interaction espace-temps dans un plan d’échantillonnage sans répétition: bibliothèque distribuée sur la page des programmes de Miquel De Cáceres à l’adresse http://vegmod.ctfc.cat

• TBI (P. Legendre): Diversité bêta temporelle
  • Cette fonction calcule et teste la différence entre les observations multivariables (données de fréquences ou de présence-absence) formant des paires observées aux temps T1 et T2. Des indices de diversité bêta temporels (TBI) sont calculés et testés. Les indices TBI sont des dissimilarités qui mesurent la différenciation bêta au cours du temps. Ils sont calculés entre T1 et T2 pour chaque site séparément.

• varpart (P. Legendre): Partition de la variation d’un tableau-réponse Y en fonction de 2, 3 ou 4 tableaux de variables explicatives. Incorporé dans la bibliothèque vegan.

• Ten years of vegan (Jari Oksanen): La petite histoire du développement de la bibliothèque vegan avant et depuis sa publication sur le CRAN le 6 septembre 2001.

Pierre Legendre

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• Jeux de données / Datasets
• Tirés-à-part / Reprints

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Cours

• Cours en ligne (en anglais): L'écologie numérique en 8 leçons
• Documents d'enseignement
• Recent Advances in Analysis of Multivariate Ecological Data: Theory and Practice